果找到了更多的神秘地点。艾吉奥为了进入地下密室,独自闯入西斯廷教堂,击败了教宗亚历山大六世并打开地下室的隐藏通道,从先行者口中得知了人类在未来将会面临重大灾难的预言。
艾吉奥和叔叔马里奥回到了蒙特里久尼,但这里再度遭到圣殿骑士的攻击,叔叔马里奥被杀,艾吉奥中枪逃走,金苹果也再次落入了圣殿骑士手中。
艾吉奥来到罗马,不断地削弱圣殿骑士的势力,夺回金苹果的艾吉奥在苹果的指引下,把它藏在了罗马斗兽场下的神殿,等待着五百年后某个人的出现。
艾吉奥稳固了刺客组织在意大利的势力,将整个刺客组织发展壮大。在某次阅读叔叔马里奥的文档时,艾吉奥发现了一封他父亲的来信,提及了一个隐藏在著名刺客阿泰尔出生地马斯亚夫的秘密图书馆。
艾吉奥踏上了前往马斯亚夫的旅途,经过了整整十个月的长途跋涉才最终抵达。但意想不到的是,迎接他的竟然是大批的圣殿骑士。在幻觉中,艾吉奥看到了一名白衣刺客,也就是宣传CG中的那一幕。
成功逃离后,艾吉奥询问了被圣殿骑士劫持的工人,知道原来这些圣殿骑士也在寻找进入图书室的方法。
在马可·波罗的父亲尼克罗·波罗书籍的指引下,艾吉奥不断地搜寻马斯亚夫的钥匙,还在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的内部斗争之中。
这些马斯亚夫的钥匙从造型上来就是一张张散发着金光的圆碟,显然是先行者们科技的产物,这其中也蕴含着阿泰尔的记忆,这些记忆是戴斯蒙之前也没有见到过的。
原来,阿泰尔晚年在马斯亚夫建立了一个图书室,把自己的一生简述给尼克罗·波罗。同时,阿泰尔把刺客们派遣到世界各地,因为阿泰尔刺杀了成吉思汗引来了蒙古军队的报复,所以阿泰尔把自己的密函、图书室钥匙等给予尼克罗·波罗这位探险家,并希望有朝一日,有一名刺客可以找到这里。
在老宋以戴斯蒙的视角体验这一切的时候,他的心情是复杂的。
艾吉奥成功打开了图书室的大门,一路点燃墙壁上的火把。但,那里面却是空空如也,只有过了那么多年依旧等待着的阿泰尔的遗骨。
在阿泰尔的记忆中,年迈的阿泰尔和自己的儿子道别,而后进入图书室中,沉重的大门在他的面前落下。
阿泰尔颤颤巍巍地向前走着,将墙壁上的火把依次熄灭,把自己的金苹果妥善地藏好。
【坐下来休息一会儿。】
视野中出现了一行小字,阿泰尔摸索着房间中央的椅子颤巍巍地坐了下来,看着手中的马斯亚夫钥匙,仿佛陷入了沉思。
但,镜头一转,已是四百多年后。
经过无数的波折和坎坷,这两位最伟大的刺客大师,终于见面了,以一种谁都没有猜到的方式……
金苹果亮起了光芒,在与先行者们接触过这么多次之后,艾吉奥明白了,自己只是一个传声筒,他经历了这么多,都只是为了让戴斯蒙能够通过自己的记忆,获得先行者们的信息。
在游戏的最后,戴斯蒙获得了先行者们传达的信息,原来在数万年前,地球曾经遭遇过一次恐怖的灾难,而这次灾难直接导致了先行者文明的灭绝。而现在,灭世灾难即将再度降临,而拯救世的希望,完全寄托在了戴斯蒙的身上……